مسجد اقصیٰ کے دو کمروں پر مشتمل قدیم کتب خانے میں ایک لاکھ تیس ہزار کتابیں موجود ہیں۔ اس ذخیرے میں وہ 4 ہزار مسودے بھی شامل ہیں، جو یروشلم کے مختلف خاندانوں کی نجی ملکیت ہیں۔
یونیسکو کے تعاون سے ان قدیم مسودوں اور کتابوں کی دیکھ بھال کی جاتی ہے۔ اس عالمی ادارے نے مسجد اقصیٰ کی اس لائبریری کو دنیا بھر میں اسلامی نسخوں کے اہم مراکز میں سے ایک قرار دیا ہے۔ اس لائبریری میں سب سے قدیم کتاب 900 سال پرانی ہے جب کہ چند انیسویں صدی کی ہیں۔ زیادہ تر کتابیں مذہبی ہیں۔ اس کے علاوہ جغرافیہ، فلکیات اور طب پر مشتمل کتابیں بھی اس لائبریری میں محفوظ ہیں۔
اس قدیم اور اہم ذخیرے میں معروف اسلامی مفکر اور دانش ور امام محمد غزالی کی کتاب بھی شامل ہے۔ چار ہزار مسودوں میں سے نصف کی حالت مخدوش ہے جب کہ کئی کتابوں کی حالت نہایت خستہ ہے اور دیمک نے بھی اپنا کام دکھایا ہے۔ کئی کتابیں جگہ جگہ سے اپنے اوراق سے محروم ہو چکی ہیں۔ماہرین کی کوشش ہے کہ کسی طرح وہ اس بیش قیمت ذخیرے کو عرصے تک محفوظ رکھ سکیں۔